知識產(chǎn)權海關保護備案，是指知識產(chǎn)權權利人，按照《知識產(chǎn)權海關保護條例》的規(guī)定，將其知識產(chǎn)權的法律狀況、有關貨物的情況、知識產(chǎn)權合法使用情況和侵權貨物進出口情況以書面形式通知海關總署，以便海關在對進出口貨物的監(jiān)管過程中能夠主動對有關知識產(chǎn)權實施保護。 
根據(jù)1995年頒布的《知識產(chǎn)權海關保護條例》，知識產(chǎn)權備案是知識產(chǎn)權權利人向海關尋求保護的前提條件。2003年12月修訂的《知識產(chǎn)權海關保護條例》對此進行了修改，不再要求知識產(chǎn)權權利人在向海關申請保護前必須進行知識產(chǎn)權備案。但是，考慮到海關在依職權保護知識產(chǎn)權時，需要有足夠的信息保障，修訂后的《條例》仍然規(guī)定，知識產(chǎn)權備案是海關依職權保護的前提條件。
雖然事先不進行知識產(chǎn)權備案，知識產(chǎn)權權利人仍然可以向口岸海關申請扣留侵權嫌疑貨物。但是，備案與否在實踐中還是有一定的的差異。事先進行知識產(chǎn)權的意義主要體現(xiàn)在：
   （一）是海關主動保護的前提條件。根據(jù)《條例》的規(guī)定，知識產(chǎn)權權利人如果事先沒有將其知識產(chǎn)權向海關備案，海關發(fā)現(xiàn)侵權貨物即將進出境，也沒有權力主動中止其進出口，也無權對侵權貨物進行調查處理。這一點對商標權和著作權的保護方面特別重要；
   （二）有助于海關發(fā)現(xiàn)侵權貨物。盡管根據(jù)《條例》的規(guī)定，知識產(chǎn)權權利人在進行備案后，仍然需要在發(fā)現(xiàn)侵權貨物即將進出境時向有關海關提出采取保護措施的申請，但是，從實踐看，海關能否發(fā)現(xiàn)侵權貨物，主要依賴于海關對有關貨物的查驗。由于知識產(chǎn)權權利人在備案時，需要提供有關知識產(chǎn)權的法律狀況、權利人的聯(lián)系方式、合法使用知識產(chǎn)權情況、侵權嫌疑貨物情況、有關圖片和照片等情況，使海關有可能在日常監(jiān)管過程中發(fā)現(xiàn)侵權嫌疑貨物并主動予以扣留。所以，事先進行知識產(chǎn)權備案，可以使權利人的合法權益得到及時的保護；
   （三）知識產(chǎn)權權利人的經(jīng)濟負擔較輕。根據(jù)海關總署有關《知識產(chǎn)權海關保護條例》的實施辦法規(guī)定，在海關依職權保護模式下，知識產(chǎn)權權利人向海關提供的擔保最高不超過人民幣10萬元。如果知識產(chǎn)權權利人事先未進行知識產(chǎn)權備案，則不能享受上述待遇，必須提供與其要求扣留的貨物等值的擔保；
    （四）可以對侵權人產(chǎn)生震懾作用。由于海關對進出口侵權貨物予以沒收并給予進出口企業(yè)行政處罰，盡早進行知識產(chǎn)權備案，可以對那些過去毫無顧忌地進出口侵權貨物的企業(yè)產(chǎn)生警告和震懾作用，促使其自覺地尊重有關知識產(chǎn)權。此外，有些并非惡意出口侵權產(chǎn)品的企業(yè)也可能通過查詢備案，了解其承攬加工和出口的貨物是否可能構成侵權。